Sin embargo, cuando los rieles llegaron a Quilmes por primera vez, la línea no partía de Plaza Constitución sino de otro lugar bien distinto. Fue la empresa del Ferrocarril de Buenos Aires al Puerto de Ensenada (FCBAPE) la que construyó la línea partiendo desde la Estación Central de Buenos Aires (hoy inexistente) ubicada muy cerca de la actual Casa Rosada y al lado del que en ese momento era el edificio semicircular de la Aduana. La Estación Central estaba ubicada aproximadamente en lo que hoy sería Av. Paseo Colón y Mitre. La línea pasaba por la Boca, cruzaba el Riachuelo, pasaba por el centro mismo de la ciudad de Avellaneda y luego llegaba a la estación Gral. Mitre (hoy Sarandí) que en ese momento obviamente no estaba elevada, sino a nivel. Digamos que recién a partir de allí el trazado es el mismo que el actual.
Los Inicios
El servicio llegó hasta Quilmes en el año 1872. El Ferrocarril a la Ensenada había inaugurado algunos años antes sus servicios pero los mismos se circunscribían a una pequeña línea dentro de la misma ciudad de Buenos Aires, partiendo de una estación provisoria a la altura de la calle Venezuela y llegando hasta la vera misma del Riachuelo pero sin cruzarlo. Precisamente, la extensión más allá del Riachuelo fue inaugurada el 18 de abril de 1872 en una importante ceremonia realizada en Quilmes, a la que asistió el propio William Wheelwright (propulsor y constructor del ferrocarril a la Ensenada), autoridades locales, provinciales y público en general. Quilmes se transformó así en punta de rieles pero solo por algunos meses. Dicho Ferrocarril luego fue extendido hasta su punto de destino que era el puerto de Ensenada donde llegó en diciembre de ese mismo año (1872) quedando así la línea completada.
La estación original de Quilmes construída por el FCBAPE no es la que vemos actualmente ya que fue remodelada posteriormente.
La estación Quilmes tal como la observaron los primeros usuarios
El Ferrocarril Sud
La Estación Central del Ferrocarril Buenos Aires - Puerto de Ensenada que estaba ubicada ajunto a la Casa Rosada sufrió un incendio en febrero de 1897 y nunca más se la reconstruyó. El FCBAPE intentó seguir corriendo sus trenes partiendo de aquel lugar pero el gobierno municipal de Buenos Aires de aquel entonces quería sacar las vías del centro de la ciudad y se lo prohibió. Fue así que se debió colocar una nueva cabecera para sus servicios, la estación Casa Amarilla, anteriormente una estación intermedia.
El Ferrocarril Sud (FCS), la gran empresa británica de ferrocarriles del momento siempre tuvo conflictos con el Ferrocarril a la Ensenada (FCBAPE), también de capitales británicos, ya que el mismo invadía parte de su zona de influencia. Pero esto duró pocos años ya que en 1898 finalmente el FCS adquirió las líneas del FCBAPE incorporándolas como parte de su propia empresa. Los trenes que pasaban por Quilmes con destino a Ensenada y La Plata seguían partiendo de la estación Casa Amarilla como lo hacía anteriormente con la gestión del FCBAPE, pero pronto el FCS entró en planes de conectar esta línea con sus vías principales que partían de Plaza Constitución y se dirigían a Temperley para luego propagarse por todo el Centro y Sur de la provincia de Buenos Aires. Fue así que se planificó y luego construyó en 1903 un enlace entre la actual estación Avellaneda (anteriormente llamada Barracas al Sud) y la línea a Ensenada empalmando con esta antes de la estación Gral. Mitre (actual Sarandí). Fue así que los trenes a Quilmes comenzaron a partir de Plaza Constitución y ya no de Casa Amarilla, desafectando así el viejo tramo de línea férrea entre aquella estación y la línea principal para los trenes de pasajeros en el año 1905. Solo quedó operativa una sección de la misma que siguió siendo usada por trenes de carga. Fue así como llegamos al trazado actual (solo que aún no existía el viaducto elevado entre Sarandí y Avellaneda). Pero además de esto, el nuevo dueño de la línea, el FC Sud, decidió "cambiarle la cara" a la estación Quilmes, llevándola a una expresión neoclásica reformando el edificio tal como se conserva hasta nuestros días. No se demolió la estación original sino que fue adaptada a su nuevo aspecto.
Una antigua imagen de la estación Quilmes ya luciendo su nueva fachada.