Un personaje clave en las guerras Calchaquíes, en las que participaron los indios Quilmes, es el cacique de los Tolombones, Juan Calchaquí.
Formando un centro indígena en Tolombón (Tucumán) arma la primera rebelión contra las fuerzas conquistadoras. Esta se destaca desde 1560 á 1563.
Este personaje fué un guerrero astuto y negociador, que encabezó un movimiento de resistencia, aliándose con todos los grupos indígenas que hoy comprenden la región denominada a su nombre: Valles Calchaquíes. En 1562 él destruye las 3 ciudades más importantes de la época: Londres, Córdoba de Calchaquí y Cañete en Tucuman. Los datos del Padre Pedro Lozano indican que en ésta epoca existían unos 30.000 indios. Se temía que se aliaran con el cacique Vitlipoco de Humaguaca, que también se resistía a la colonizacíon ó que se uniera al relevantamiento Inca de Vilcabamba. Muchos predican que tal hecho hubiera sido fatal para los españoles, tal vez expulsandolos finalmente de las cordilleras Andinas.
Juan Calchaquí finalmente fue tomado prisionero, pero al ser visto como Huaca (sagrado) por todos los indígenas, los españoles lo usaban como negocio para obtener rehenes españoles. Ciudades colonas eran fundadas, destruidas, refundadas o cambiadas de lugar. Lo mismo ocurre con los puestos politicos de la gobernacion Tucumana. Pero en todos estos casos no se los nombra a los Quilmes. Se sabe que las rebeliones estaban formadas por varios grupos, y aunque éstos hayan estado presente en éstas varias luchas, los conquistadores los han confundido con los Hualfines, Paciocas, Tolombones u otros.
Al comienzo del 1600 algunos grupos indígenas engañados por tratados de libertad y posesión de tierras, se apegan a las doctrinas españolas. Ésto hace que varios guerreros estén a favor de los españoles para las luchas Calchaquíes. Varios pueblos estaban enemistados además con los Calchaquíes, por cuestiones de tierras, herencias, o solo por ser de otra etnia. Éste hecho facilita a los conquistadores obtener un gran numero de guerreros, además también el darse cuenta de que existen luchas internas entre los indios, y que negociándoles les sería mas fácil conseguir a los que llamaban “Indios Amigos”.
También fué una época de empidemias, lo que hizo que varios españoles murieron y perdieran nuevamente las tierras.
Finalmente la historia de la dominación es conocida, pero Calchaquí nunca supo de ello, pues falleció de forma natural en 1630.
La Avenida del oeste de la ciudad no recuerda a los valles, sino a quin les dió el nombre, el intrépido cacique Juan Calchaquí.